В период "смуты", охватившей Русское государство и общество в начале XVII в., в Нижегородчине начались крестьянские волнения. Центром крестьянского движения стал Арзамас. В 1606 г. мордва, холопы и крестьяне осадили Нижний Новгород. Царь Василий Шуйский для усмирения повстанцев направил туда князя Воротынского. Последний овладел с бою Арзамасом.

Летом 1608 г. к Арзамасу подошли отряды литовцев и бояр-изменников. Они были посланы туда Лжедмитрием II - будущим "Тушинским вором". В том же 1608 г. Нижний Новгород оказался опять в осаде - его окружили мордва, черемисы и литовцы. На помощь Нижнему Новгороду двинулся полк воеводы Ф.И. Шереметева, который и разгромил "воровских людей".

На рубеже 1608 и 1609 гг. по городам Поволжья стали формироваться отряды самообороны.

 

В июле 1610 г. царь Василий Шуйский был свергнут с трона. Чуть позднее в город вошли польские интервенты. Народное ополчение, возглавляемое Прокопием Ляпуновым, выступило из Рязани к Москве, но в столице было разгромлено. Тогда же был ранен и будущий вождь другого ополчения князь Д.М. Пожарский.

3 июня 1611 г. под ударами поляков пал Смоленск. Смоляне, прихватив оружие, двинулись в сторону Арзамаса и Курмыша. Но арзамасцы решили не пускать беженцев в город. Тогда последние взяли Арзамас штурмом.

В это время в земской избе Нижнего Новгорода купец Козьма Минин выступил с призывом собирать новое народное ополчение, возглавить которое пригласили князя Д.М. Пожарского.

Весной 1612 г. ополчение выступило из Нижнего Новгорода и позднее освободило Москву от интервентов.

В годы "смуты" села и деревни арзамасского края росли за счет притока беженцев из разоренного польско-литовскими интервентами центра России. С начала 1620-х гг. рост числа дворов наблюдается за счет естественного прироста населения. Если в конце XVI в. в редких селах края насчитывалось 10-20 дворов, то в середине XVII столетия их число нередко достигало нескольких сотен. Крестьянские семьи в 15-20 человек стали обычным явлением.

По завершении "смуты" Арзамас представлял собой довольно значительный, как в военном, так и в экономическом отношении центр Русского государства. Под командой арзамасского воеводы находилось 130-150 стрельцов и 25-30 пушкарей-затинщиков, в распоряжении государева подьячего было 6 местных подьячих.

Таможня и кабак Арзамаса уже в 1620-е гг. давали казне ежегодно по 2149 рублей - весьма значительную по тем временам сумму.

Арзамасская крепость пережила грозные события начала XVII в. На ее вооружении имелись 3 медные и 6 железных пушек, 26 затинных и 29 ручных пищалей. В крепости стоял шатровый городской собор, возле которого располагались дворы воеводы, государева подьячего, стрельцов. Через реку Тешу был перекинут мост, от которого дорога через Выездную слободу вела на Муром и Москву.

К середине XVII в. число жилых дворов в Арзамасе по сравнению с 1623 г. выросло в полтора раза. В нем насчитывалось 433 двора тяглых и оброчных людей. Большее же число жителей города принадлежало тогда монастырям, храмам и вотчинникам. В 1646 г. в Арзамасе насчитывалось 976 жилых домов. В городе проживало около четырех с половиной тысяч населения.

Арзамас являлся крупным торгово-промышленным центром России. В нем жили 16 кузнецов, 12 серебряников, 4 оловянишника, 40 сапожников, 6 портных, 32 красильника, много токарей, плотников, колесников и ложкарей. Известные иконники Сенка Кириллов и Никонко Петров приглашались в Москву для росписи столичных храмов.

В 1646 г. арзамасская крепость была перестроена. Заново отстроили проезжие Спасскую и Никольскую башни и линию стен, направленную в сторону ополья. Крепость в городе по-прежнему оставалась деревянной. Тогда же в Спасском монастыре выстроили большой пятиглавый собор, а позднее - двухэтажную трапезную палату с Рождественской церковью. В 1651 г. на торговой площади города построили кирпичную Введенскую церковь.

После пожара 1652 г. был выстроен новый дубовый городской собор, который сохранился до наших дней. Сейчас он стоит в селе Костылихе. Когда в Арзамасе возвели новый каменный собор, то старый - деревянный - перевезли сначала в село Водоватово, а затем - в Костылиху.

В 1670 г. в Арзамасском крае развернулись боевые действия, ставшие частью крестьянской войны в России под водительством Стеньки Разина. В Арзамасе находилась штаб-квартира дворянского ополчения во главе с воеводой Ю. А. Долгоруким. Одним из крестьянских отрядов, действовавших в окрестностях Арзамаса, предводительствовала инокиня арзамасского Никольского монастыря старица Алена, которая самолично убила из лука в последнем своем бою семь или восемь дворянских ополченцев. Инокиню сожгли на костре. В памяти народа она осталась под именем Алена Арзамасская.

Восстание крестьян в Арзамасском крае отвлекло их от непосредственного занятия - земледелия. В 1671 г. многие селяне не возделывали полей и не засевали их хлебом, так что правительство было вынуждено предоставлять в тот год хлеб из государственных житниц.

В 1678 г. в Арзамасе насчитывалось в 706 дворах чуть более трех тысяч человек обоего пола. По сравнению с 1646 г. количество горожан сократилось почти в полтора раза.
К концу XVII в. засечные черты по реке Теше самоликвидировались. Еще с 1640-х гг. староста засечных черт постоянно доносил в Москву об отказе местного населения подновлять укрепления и о прокладке по заповедным лесам "неведомыми людьми" троп и санных путей.

В начале 1695 г. воевода Емельян Засецкий был вынужден переместить из кремля в подклет трапезной палаты Спасского монастыря арсенал, а о стенах и башнях крепости доносил, что те во многих местах прогнили, и ворота в город не затворяются.

В 1699 г. в городе прошел первый рекрутский набор в регулярную армию, было набрано 603 солдата. Арзамас с уездом перешел в подчинение Нижнему Новгороду.